Внутренний порт Гданьска способен принимать суда с максимальной осадкой 10,2 м и длиной 225 м, а Северный порт — обслуживать самые большие суда, заходящие в Балтийское море. На этом участке со своим отдельным подходным каналом глубиной 17 м можно принимать у причалов суда с осадкой до 15 м и длиной от 300 м и более.
В глубоководном Северном порту Гданьска расположены: угольный терминал, терминал по обработке нефти и нефтепродуктов, терминал по обработке сжиженного газа. В универсальном Внутреннем порту расположены терминалы по обработке гранулированной и жидкой серы и фосфатов, зерновой элеватор, паромный терминал с линиями на Швецию; портовая СЭЗ, где длина причальной линии достигает 1070 м, есть 38 тыс. кв. м складских помещений и 80 тыс. кв. м площадей для открытого хранения; паромный терминал Вестерплятте с линиями на Данию (Копенгаген).
В октябре 2002 г. на терминале Вестерплятте открылась новая линия Гданьск — Треллеборг — Копенгаген. Ее обслуживает паром «Герцог Скандинавский», способный перевозить 1240 пассажиров, 416 легковых автомашин и 45 трейлеров.
В начале 1999 г. заработал новый контейнерный терминал на Щецинской пристани во Внутреннем порту, оснащенный 40-тонными рельсовыми портальными кранами и другой техникой. Годовая пропускная способность терминала — 35 тыс. TEU, складские мощности — 1,5 тыс. TEU, здесь есть 50 гнезд для рефконтейнеров.
Сегодня терминал обслуживает три линии: Scan Baltic Express (SBX 1) с заходами в порты Грейнджмут, Антверпен, Роттердам, Хамина, Санкт-Петербург, Гамбург (оператор — Orient Overseas Container Line — OOCL); SBX 2: между Гамбургом и Санкт-Петербургом (оператор — OOCL); Inter-Marine Sea Line с заходами в Гдыню/Гданьск, Орхус, Бремерхафен, Гамбург.
Обработка грузов, буксировка, лоцманская проводка и другие эксплуатационные услуги в Гданьском порту предоставляются частными компаниями.